ตามประวัติได้เริ่มสร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ.๒๔๑๐ ในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๔ โดยอุบาสิกาฉิม เกิดเจริญ เป็นผู้มีศรัทธาแรงกล้า ยกที่ดินให้ ๑๖ ไร่   ๓ งาน และอุบาสกอ่วม เกิดเจริญ เป็นผู้สร้างวัดให้โดยปลูกกุฏิขึ้น ๒ ห้อง หอสวดมนต์ ๑ หลัง ๓ ห้อง หลังคามุงด้วยจาก ฝากรุกระแชงอ่อนได้อาราธนาพระภิกษุผันมาเป็นเจ้าอาวาส ต่อมาได้สร้างอุโบสถขึ้น  ๑ หลัง มุงด้วยจาก ฝากรุด้วยจากเช่นกัน พระอธิการผัน ได้พัฒนาวัดให้เจริญขึ้นมาเป็นลำดับ จนถึงสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๕ พระอธิการผันได้ข้อพระราชทานวิสุงคามสีมา ซึ่งพระองค์ท่านได้ทรงพระเมตตาโปรดเกล้าฯ พระราชทานวิสุงคามสีมา ให้แก่วัดอ้อมน้อย เมื่อวันที่ ๑๐ ตุลาคม พ.ศ.๒๔๒๕ ได้ประกอบพิธีผูกพัทธสีมาปิดทองฝังลูกนิมิตเสร็จสมบูรณ์แบบทุกประการซึ่งอุบาสกอ่วม เกิดเจริญ มีศรัทธาในพระพุทธศาสนาอย่างแรงกล้าได้บรรพชาอุปสมบทในระยะนั้นด้วย  ต่อมาพระอธิการผันได้ลาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อย พระภิกษุอ่วมได้ดูแลวัดอ้อมน้อยแทนพระอธิการผันสืบมาถึง ๙ ปีแต่ไม่รับตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อย พระภิกษุอ่วมจึงได้อาราธนาพระภิกษุฉายมาเป็นเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยรูปที่ ๒ จากนั้นเป็นต้นมาพระภิกษุฉายเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยก็ได้มีการลาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาส และเข้ารับตำแหน่งอีกหลายรูปด้วยกัน ซึ่งแต่ละรูปก็ได้พัฒนาวัดอ้อมน้อยให้เจริญขึ้นมาตามลำดับตามกาลเวลาตามสภาวะแวดล้อมของสังคมได้มีการเปลี่ยนแปลงได้สร้างหลังคาอุโบสถซึ่งแต่เดิมมุงด้วยจากมาเป็นหลังคากระเบื้องกำแพงอุโบสถก่อด้วยอิฐถือปูนและได้ใช้อุโบสถหลังนี้ประกอบพิธีทางศาสนาตลอดมา แต่การพัฒนาวัดก็ยังไม่สามารถทำให้วัดตั้งอยู่ในสถานะมั่นคงได้เพราะยังขาดถาวรวัตถุที่จำเป็นอีกมากมายหลายอย่าง ประกอบกับสภาพสังคมทางบ้านเมืองก็ยังไม่เจริญทำให้การพัฒนาวัดเป็นไปได้ช้า จนกระทั่งถึงเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยรูปที่ ๙ คือ พระอาจารย์เล้ง จนฺทสุวณฺโณ ได้มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อย ท่านได้สร้างสาธารณูปการให้เกิดขึ้นหลายอย่าง เช่น สร้างถนนก่ออิฐถือปูนเปลี่ยนแปลงกุฏิหลังเก่าที่ชำรุดทรุดโทรมให้ดีขึ้น ทั้งยังสร้างเพิ่มขึ้นเป็น ๘ หลัง สร้างโรงเรียนประชาบาลขึ้น ๑ หลัง สร้างสุสานเก็บศพ สร้างศาลาการเปรียญด้วยไม้สักยาว ๑ วา กว้าง ๖ วา เป็นศาลาเอนกประสงค์ และอื่นๆ อีกมากมาย
        ท่านเป็นเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยถึง ๒๕ ปี ผลงานของพระอธิการเล้ง จนฺทสุวณฺโณ เป็นที่ประจักษ์จักแก่สาธุชนทั่วไปทางคณะสงฆ์จึงได้อาราธนาย้ายท่านไปดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดนางสาว ซึ่งเป็นวัดที่อยู่ในเขตเดียวกันเพื่อพัฒนาวัดนางสาวบ้าง ถัดจากนั้นก็ได้พระอาจารย์ป่วนขึ้นเป็นเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อย รูปที่ ๑๐ ดำรงตำแหน่งอยู่ ๕ ปี พระอาจารย์ป่วนจึงได้ลาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยไปทางคณะสงฆ์จึงได้อาราธนาพระมหาสว่าง ญาณทีโป ปธ.๕ น.ธ.เอก จากวัดนางสาวมาเป็นเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยเมื่อ พ.ศ.๒๔๙๓ พระมหาสว่างได้ทำการบูรณะซ่อมแซมกุฏิสงฆ์ที่ทรุดโทรมให้ดีขึ้นสร้างกุฏิอีก ๒ หลัง สร้างหอฉัน สร้างหอระฆังมีช่อฟ้าใบระกา ซ่อมแซมอุโบสถด้วยการฉาบปูนทั้งข้างนอกข้างใน สร้างศาลาบำเพ็ญกุศล ขุดสระน้ำให้พระสงฆ์และประชาชนใช้ประโยชน์นอกจากนี้ยังมีการซ่อมแซมโรงเรียนประชาบาลให้มั่นคงขึ้น สามารถนักเรียนได้มากขึ้นอีกและนางสาวอาบ เกิดเจริญมีศรัทธาอย่างแรงกล้าในพระพุทธศาสนาได้ถวายที่ดินเป็นธรณีสงฆ์ของวัดอ้อมน้อย จำนวน ๒๑ ไร่ ๓ งาน สร้างถนนดินลูกรังจากถนนเพชรเกษมเข้าสู่วัด ฯลฯ ผลงานของเจ้าอาวาสรูปที่ ๑๑ เป็นที่ปรากฏแก่สาธารณชนคนทั่วไป  จึงได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ที่ พระครูวิบูลย์สุตาธิการ ชั้นพิเศษ ได้รับพัดยศ จปร. ซึ่งนับว่าเป็นเกียรติคุณแก่วัดอ้อมน้อยที่มีพระครูสัญญาบัตรรูปแรกของวัดอ้อมน้อย นับตั้งแต่สร้างวัดมา พระครูวิบูลย์สุตาธิการดำรงตำแหน่งวัดอ้อมน้อยอยู่ถึง ๙ ปีจึงได้ลาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยไป ในช่วงนี้ พระประยงค์ สุวณฺโณได้รับการแต่งตั้งให้รักษาการตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยอยู่ประมาณ ๑ เดือนก็ได้ลาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยไป ทางคณะสงฆ์จึงได้แต่งตั้ง
พระอาบ ปุญญฺโชโต และ (สมเด็จพระสังฆราช อยู่ ญาณโณทัย วัดสระเกศราชวรวิหาร ได้ประทานนามให้ว่า       "ณรงค์ฤทธิ์ ฉิมมณี" น.ธ.เอก ขึ้นเป็นเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อยรูปที่ ๑๒ เมื่อ พ.ศ.๒๕๐๒ เมื่อพระอธิการอาบ ปุญฺญโชโตได้เข้ามารับตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อย ท่านได้เริ่มพัฒนาวัดอย่างจริงจัง ทุ่มเททั้งแรงกายแรงใจกับวัดอ้อมน้อยอย่างเต็มความสามารถ ได้สร้างถาวรวัตถุที่สำคัญต่าง ๆ เช่น สร้างฌาปนสถานพร้อมศาลาบำเพ็ญกุศล สร้างถังน้ำบาดาลให้พระสงฆ์และประชาชนใกล้เคียง ได้ใช้ประโยชน์ สร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรม สร้างหอพระไตรปิฎก เป็นผู้การอุปถัมภ์โรงเรียนประถมวัดอ้อมน้อย และโรงเรียนอ้อมน้อยโสภณชนูปถัมภ์ ทำให้วัดอ้อมน้อยวิวัฒนาการไปสู่ความเจริญก้าวหน้าอย่างรวดเร็วยิ่งขึ้นกอปรกับประชาชนชาวตำบลอ้อมน้อยและใกล้เคียงมีความศรัทธาเลื่อมใสให้การสนับสนุนเจ้าอาวาสรูปนี้ด้วยดีตลอดมา จึงได้รับพระราชทานสมณศักดิ์ที่ พระครูโสภณธรรมสาคร และต่อมาได้รับตำแหน่งเจ้าคณะอำเภอกระทุ่มแบนชั้นพิเศษ ผลงานความสามารถตลอดจนคุณงามความดีของพระครูโสภณธรรมสาครได้ปรากฏแก่ประชาชนโดยทั่วไป ท่านจึงได้รับการพิจารณาจากคณะสงฆ์ให้เข้ารับพระราชทานเสาเสมาธรรมจักร ประเภทส่งเสริมและสงเคราะห์ประชาชนโดยใช้หลักธรรมทางพระพุทธศาสนา ในงานสัปดาห์ส่งเสริมพระพุทธศาสนาเนื่องในวันวิสาขบูชาเมื่อวันที่ี ๒๖ เมษายน พ.ศ.๒๕๓๓ จากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี นับเป็นเกียรติประวัติแก่วัดอ้อมน้อยอย่างล้นพ้นในช่วงระยะเวลาที่ท่านพระครูโสภณธรรมสาครมารับภาระปกครองดูแลวัดอ้อมน้อยนี้ ท่านได้พัฒนาวัดอ้อมน้อยมีความเจริญและทันสมัยเป็นอย่างมาก จึงทำให้มีพระภิกษุสงฆ์สามเณร เข้ามาบรรพชาอุปสมบทและจำพรรษาเป็นจำนวนมาก ท่านได้พิจารณาแล้วเห็นว่าอุโบสถหลังเดิมมีขนาดเล็กคับแคบ ไม่สะดวกในการทำสังฆกรรมของพระสงฆ์ ทั้งยังมีสภาพทรุดโทรมมากมาย ไม่สามารถทำการบูรณะซ่อมแซมได้อีกแล้ว จึงได้ปรึกษาหารือกับไวยาวัจกร คณะกรรมการของวัด ศิษยานุศิษย์และประชาชนร่วมกันสร้างอุโบสถ์หลังใหม่ขึ้น มีขนาดกว้าง ๑๕ เมตร ยาว ๓๐ เมตร โดยในเบื้องต้นได้รับการอุปถัมภ์จาก นางเยี่ยม ประชาศรี บริจาคเงินจำนวน  ๕๐๐,๐๐๐ บาท และนางใย  ซิ้มเจริญ พร้อมญาติพี่น้อง บริจาคเงินจำนวน  ๓๐๐,๐๐๐ บาท เป็นกองทุนในการวาง
ศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ ๗ มีนาคม พ.ศ.๒๕๒๕ โดยมีพระเดชพระคุณท่านเจ้าประคุณสมเด็จพระธีรญาณมุนี วัดจักรวรรดิราชาวาส เป็นประธานในพิธี และเริ่มดำเนินการก่อสร้างเมื่อวันที่ ๗ เมษายน พ.ศ.๒๕๒๕ ซึ่งต่อมาได้รับบริจาคเงิน  จากข้าราชการ  พ่อค้า  ประชาชน  ผู้มีจิตศรัทธาโดยทั่วไป  จำนวนประมาณ ๑๒,๒๐๐,๐๐๐ บาท
           อุโบสถหลังใหม่นี้  สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงยกช่อฟ้าและเททองหล่อรูปจำลองพระประธานอุโบสถ เมื่อวันพุธที่ ๑๘ สิงหาคม พ.ศ.๒๕๓๖ ยังความปลาบปลื้มปิติยินดีเป็นล้นพ้นมาสู่พสกนิกรชาวตำบลอ้อมน้อย อำเภอกระทุ่มแบน  จังหวัดสมุทรสาคร
 
ลำดับเจ้าอาวาสวัดอ้อมน้อย
          ๑. พระอธิการผัน
          ๒. พระอธิการฉาย
          ๓. พระอธิการเนตร
          ๔. พระอธิการจู
          ๕. พระอธิการแดง
          ๖. พระอธิการรอด
          ๗. พระครูสังฆรักษ์ขิต (ปลั่ง)
          ๘. พระอธิการหรั่ง
          ๙. พระอธิการเล้ง จนฺทสุวณฺโณ
          ๑๐. พระอธิการป่วน
          ๑๑. พระครูวิบูลย์สุตาธิการ (สว่าง ญาณทีโป เสือบำรุง)
          ๑๒. พระครูโสภณธรรมสาคร (ณรงค์ฤทธิ์ ปุญฺญโชโต ฉิมมณี) ๓๕ ปี (มรณภาพ)
          ๑๓. พระครูสาครธรรมานุวัตร (ชลิต  อมโร) ๔ ปี (ลาสิกขา)
          ๑๔. พระครูสาครธรรมาภรณ์ (ชุบ อธิปญฺโญ ชัยสิทธิ์) ๙ ปี (มรณภาพ)
          ๑๕. พระครูสาครเขมคุณ (มนูญ เขมวํโส รามัญอุดม) เจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน พ.ศ.๒๕๕๐ - ปัจจุบัน