เดิมทีที่ยังไม่สร้างวัดเป็นเขาช่องเสด็จ เป็นที่ดินทางราชการ เป็นภูล้อมรอบบริเวณ ต่อมาเมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๒๐ หลวงพ่อสมคิด อนาลโย ได้มาปฏิบัติธรรมที่ถ้ำเขาช่องเสด็จ จึงเห็นสภาพที่แห่งนี้ น่าจะสร้างสถานที่ปฏิบัติธรรม จึงได้สร้างสถานที่เขาช่องเสด็จเป็นที่พักสงฆ์ จึงมีชื่อเดิมว่า (ที่พักสงฆ์เขาช่องเสด็จ) ตั้งแต่หลวงพ่อสมคิด อนาลโย ปกครองที่สำนักสงฆ์แห่งนี้ก็มีพระภิกษุ อุบาสก อุบาสิกา มาปฏิบัติธรรมโดยมิขาด ทางหลวงพ่อสมคิดเห็นว่าญาติโยมมาเยอะขึ้น และด้วยศรัทธาจากลูกศิษย์ จึงได้สร้างศาลาการเปรียญขึ้นหนึ่งหลัง เมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๔๐ จึงสร้างศาลาการเปรียญเสร็จเป็นจำนวนเงินสร้าง ๕,๕๐๐,๐๐๐ บาท ที่เรียบร้อย
          จนกระทั่ง ปีพุทธศักราช ๒๕๔๘ หลวงพ่อสมคิด อนาลโย ได้มรณภาพในวันที่ ๒๘ มิถุนายน ปีพุทธศักราช ๒๕๔๘ ต่อมาทางเจ้าคณะตำบลหนองหญ้า แต่งตั้งหัวหน้าสำนักสงฆ์ใหม่ ที่ ต.๑/๒๕๔๘ โดยมี พระกมล ฉายา กมโล อายุ ๔๗ พรรษา ๔ เป็นหัวหน้าสำนักสงฆ์เขาช่องเสด็จ ได้เป็นเจ้าอาวาส ได้ขอสร้างวัดขึ้นที่บ้านหนองหญ้า หมู่ ๑ ขออนุญาตใช้ที่ดินของทางราชการเพื่อสร้างวัดป่าเขาช่องเสด็จ หนังสือ ส.ป.ก. จังหวัดกาญจนบุรี ที่ กจ. ๐๐๑๑/๑๒๙๙ ลงวันที่ ๙ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๑ คำสั่งจังหวัดกาญจนบุรี ที่ ๑๓๔๐/๒๕๔๘ มติทางราชการ (ส.ป.ก.) เพื่อสร้างวัดวันที่ ๑๕ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๕๑ ต่อมาทางราชการได้ประกาศแต่งตั้งวัดเป็น (วัดเขาช่องเสด็จ) ณ วันที่ ๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๕๙ เป็นวัดโดยสมบูรณ์ จำนวนพื้นที่ในวัด ๖ ไร่
          เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๖๐ พระปลัดกมล กมโล ได้ลาสิกขาบทออกจาตำแหน่งเจ้าอาวาส ต่อมาทางคณะสงฆ์ได้นิมนต์ พระครูสิทธิกาญจนกิจ  (หลวงพ่อวัชระ เอกวัณโณ) มาเป็นเจ้าอาวาส เมื่อวันที่ ๒๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๖๑ จนถึงปัจจุบัน