เดิมชื่อ "วัดประดู่" สร้างในสมัยอยุธยาตอนปลาย ต่อมามีสภาพร้างจากภัยสงคราม ราวสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้นจึงได้รับการ
บูรณะขึ้นมาอีกครั้ง แต่ชาวบ้านนิยมเรียกตามชื่อหมู่บ้านว่า "วัดบ้านปลายนา" กระทั่งทอนสั้นลงเป็น "วัดปลายนา"
วัดตั้งอยู่ริมลำน้ำปลายนา ซึ่งเป็นเส้นทางคมนาคมที่สำคัญ ทั้งเป็นเขตแดนระหว่างเมืองสุพรรณบุรีกับเมืองวิเศษไชยชาญ(อ่างทอง)
ในสมัยโบราณ และด้วยตั้งอยู่สุดปลายแดนซึ่งมีหมู่บ้านใกล้เคียงคือ "บ้านไร่" สมัยก่อนจึงนิยมเรียกติดปากกันว่า "บ้านไร่ปลายนา"
นัยว่าหมายถึงหมู่บ้านที่อยู่ไกลสุดเขตแดน
สถานที่ตั้งวัดและชุมชนเป็นจุดยุทธศาสตร์สำคัญเส้นทางหนึ่ง ด้วยสมัยก่อนบริเวณเหนือวัดมีเส้นทางน้ำชื่อว่า "คลองบาง" หรือ
"คลองเรือ" เป็นคลองซึ่งขุดขึ้นด้วยฝีมือมนุษย์ โดยไม่ทราบประวัติเกี่ยวกับการขุด มีลักษณะเป็นคลองลัดตัดตรงเพื่อเชื่อมต่อระหว่าง
ลำน้ำปลายนากับแม่น้ำสุพรรณ(ท่าจีน) ใช้ในการสัญจรระหว่างเมืองสุพรรณบุรีกับเมืองวิเศษไชยชาญ หากขึ้นเหนือสามารถไป
สิงห์บุรีได้ หากล่องใต้สามารถไปอ่างทองและอยุธยาได้ กระทั่งการคมนาคมทางน้ำเริ่มหมดไป และการคมนาคมทางบกเข้ามาแทนที่
เส้นทางสัญจรดังกล่าวจึงหายไป คลองถูกจับจองพื้นที่ทับถมจนพ้นสภาพ
นอกจากนี้ยังมีตำนานท้องถิ่นเป็นคำบอกเล่าสืบต่อกันมาว่า ในอดีตเคยมีกองทัพข้าศึกมาตั้งค่ายเมื่อครั้งทำศึกกับกรุงศรีอยุธยา
(สันนิษฐานว่าอาจเป็นครั้งเสียกรุงฯครั้งที่ ๒) ลักษณะเป็นค่ายเล็กๆติดกับคลองบางไปทางทิศตะวันตกอยู่ไม่ไกลวัดนัก ชาวบ้านจึง
หลบหนีภัยสงครามไปยังสถานที่ต่างๆ พระพุทธรูปถูกตัดเศียร ถูกทุบทำลายเพื่อหาของมีค่า เป็นการทำลายขวัญกำลังใจไปในตัว และ
วัดก็ร้างนับแต่นั้นมา โดยค่ายแห่งนี้เคยมีร่องรอยปรากฎอยู่ ในอดีตชาวบ้านจะร่วมกันประกอบพิธีบำเพ็ญกุศล(ทำบุญกลางเดือน ๓)
อุทิศให้บรรพชนซึ่งเสียชีวิตที่ค่ายนี้
ปัจจุบันวัดมีพื้นที่จำนวน ๒๕ ไร่ ๑ งาน ๘๔ ตารางวา ได้รับอนุญาตตั้งวัดเมื่อ พ.ศ. ๒๒๒0 ได้รับพระรชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ
พ.ศ. ๒๒๓๐ เขตวิสุงคามสีมา กว้าง ๗ เมตร ยาว ๑๓ เมตร

Google Map Link
กดดู