ที่ตั้งวัดในปัจจุบัน
    วัดตุ๊กตา เป็นวัดราษฎร์ สังกัดคณะสงฆ์มหานิกาย ตั้งอยู่เลขที่ 58 หมู่ 2 ตำบลบางกระเบา อำเภอนครชัยศรี  จังหวัดนครปฐม  พื้นที่ที่ตั้งวัด มีเนื้อที่ 21 ไร่ 1 งาน 64 ตารางวา ตามโฉนดเลขที่ 10737 มีอาณาเขตดังนี้
    ทิศเหนือ    จด    คลองบางแก้ว
    ทิศใต้      จด    ที่ธรณีสงฆ์วัดใหม่สุปดิษฐาราม, สุสานนครชัยศรีมูลนิธิ
    ทิศตะวันออก จด    ที่ธรณีสงฆ์วัดกลางบางแก้ว (โรงเรียนวัดกลางบางแก้ว)
    ทิศตะวันตก  จด    ที่ดินของชาวบ้าน
ลักษณะพื้นที่ทั่วไป
    เป็นพื้นที่ราบ ตั้งอยู่ห่างจากตัวอำเภอนครชัยศรี ประมาณ 2 กิโลเมตร
ความเป็นมาแต่เดิม
    วัดตุ๊กตา เดิมชื่อวัดภิทัยธารามประสิทธิ์ จากการสำรวจของนักโบราณคดี กรมศิลปากร ที่บันทึกไว้สันนิษฐานว่า 
สร้างเมื่อราว พ.ศ.2120 สมัยอยุธยา ตั้งอยู่บริเวณลุ่มแม่น้ำนครชัยศรี ด้านเหนือของวัดมีคลองผ่านเรียกว่า “คลองบางแก้ว”
    จากคำบอกเล่า และสันนิษฐานของ พระพุทธวิถินายก(หลวงปู่เพิ่ม) อดีตเจ้าอาวาสวัดกลางบางแก้ว กล่าวว่าคนที่
ริเริ่มสร้างวัดนี้คงชื่อ “ทัย” เพราะมีนามเก่าของวัดปรากฏอยู่ กาลต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น "วัดตุ๊กตา"  สาเหตุที่เรียกชื่อ
วัดตุ๊กตา เพราะที่วัดนี้มีผู้สร้างตุ๊กตาคู่หนึ่ง แกะด้วยไม้สัก คล้ายกับพระลอชนไก่ ตัวที่ 1 มือขวาอุ้มไก่ มือซ้ายถือถุงเงิน  ตัวที่ 2 มือซ้ายอุ้มไก่ มือขวาถือกงจักร นุ่งโจงกระเบน ไว้ผมจุก ชาวบ้านในสมัยนั้นเลยขนามนามว่า “วัดตุ๊กตา” มาจนปัจจุบันนี้
    เมื่อ พ.ศ. 2500 มีพระจีนมาขอยืมตุ๊กตาดังกล่าว จากหลวงพ่อเนตร์ อดีตเจ้าอาวาส เพื่อนำไปทำพิธีระหว่างพรรษา และพระจีนก็นำตุ๊กตาคู่นั้นมาคืน พอท่านจะกลับไปยังสำนักได้เอ่ยปากขอตุ๊กตาคู่นั้น หลวงพ่อเนตร์ท่านได้นั่งพิจารณาอยู่นานไม่พูดแต่กลับหัวเราะ ครั้งสุดท้ายท่านจึงพูดขึ้นว่า ตุ๊กตาคู่นี้อยู่มาคู่กับวัด ถ้าเอาไปก็ไม่มีสัญญาลักษณ์ของวัด พระจีนก็บอกว่า หาไม้มาแกะจำลองของเก่าก็ได้  หลวงพ่อเนตร์ก็นั่งหัวเราะเฉย  ผลสุดท้ายไม้ได้แน่  พระจีนก็เลยพูดว่า ตุ๊กตาคู่นี้มีเมตตาแรงมากเก็บรักษาไว้ให้ดี
    ต่อมาเมื่อ พ.ศ.2505  หลวงพ่อเพี้ยน และคณะกรรมการได้นำตุ๊กตาทั้งคู่ไปติดตั้งไว้ที่ศาลาท่าน้ำริมคลองบางแก้ว โดยให้ช่างหล่อเสาปูนผูกเหล็ก เพื่อให้ชาวบ้านได้เห็นจะได้สบายใจ เพราะสมัยนั้นการคมนาคมใช้เรือเป็นพาหนะอย่างเดียว ยังไม่มีทางเข้าวัด
    เมื่อปี พ.ศ.2506  มีคนชอบแสวงหาของเก่านิยมวัตถุโบราณ เที่ยวถามถึงประวัติว่าวัดนี้มีความเป็นมาอย่างไร พอเล่าให้ฟังโดยย่อ พอตกเวลากลางคืนใกล้รุ่งได้ยินเสียงสุนัขเห่า พระท่านตื่นทำกิจวัตร พบว่าตุ๊กตาได้โดนงัดเอาไป 1 ตัว อีกตัวหนึ่งกำลังจะออกจากแท่นปูนอยู่แล้ว พอดีพระตื่นไปพบเข้าเสียก่อนเลยเอาไปได้ตัวเดียว กาลต่อมาหลวงพ่อเพี้ยน ท่านจึงได้ให้ช่างปูนปั้นรูปตุ๊กตา 2 ตัว ตามแบบเดิม นำไปตั้งที่ท่าน้ำ เพื่อให้เป็นสัญญาลักษณ์ของวัดสืบไป
 
การสำรวจวัดโดยนักโบราณคดี
    พระครูวิบูลสิริธรรม (หลวงพ่อเพี้ยน) เจ้าอาวาสวัดตุ๊กตา ได้ทำการสำรวจวัด เมื่อ พ.ศ. 2520 สำรวจโดยอาจารย์ประยูร อุระชาฎะ จากกรมศิลปากร เมื่อวันที่ ๘ มิถุนายน ๒๕๒๐ สำรวจอุโบสถหลังเก่า (ปัจจุบันบูรณะเป็นวิหาร)และได้บันทึกผลการสำรวจไว้เป็นหลักฐานดังนี้
1.อุโบสถเก่าสมัยอยุธยา พระเจ้าจักรพรรดิ อกเลารัดร้อย มีรูปท้าวกุเวร (หายไป)
2.พระประธานในอุโบสถ เป็นพระพุทธรูปสมัยอยุธยา
3.ลายเพดานสีฝุ่นบนพื้นแดง ลายดาวสมัยอยุธยา (ชำรุดหมดแล้ว)
4.ช่องอาจสำหรับใส่พระ สมัยพระนารายณ์
5.ทรงเจดีย์ไม้สิบสอง สมัยพระเจ้าจักรพรรดิ ซ่อมเมื่อสมัยพระบรมโกษฐ์มาครั้งหนึ่ง
6.เสมาหินชนวนสีเทา สมัยพระเจ้าจักรพรรดิ อยุธยา ราว พ.ศ.2120-2130
7.หินอ่อนปูพื้นในอุโบสถ สมัยรัชกาลที่ 3
8.อุโบสถเคยซ่อมมาแล้ว เมื่อสมัยพระบรมโกษฐ์ ในรัชการที่ 6
9.พระทรงเครื่องใหญ่ปางห้ามสมุทร สมัยพระเจ้าอยู่หัวบรมโกษฐ์ อยุธยา พ.ศ.2250
10.พระทรงเทริด สมัยพระเจ้าจักรพรรดิ์ อยุธยา พ.ศ.2130
11.ชุกชี สมัยพระนารายณ์
 
    จากการสำรวจของโบราณคดี กรมศิลปากร ที่บันทึกไว้คืออุโบสถหลังเก่า มีอายุประมาณ 400 กว่าปี สร้างในสมัยอยุธยา ได้ชำรุดทรุดโทรมตามกาลเวลา ไม่สามารถประกอบพิธีสังฆกรรมได้ ต่อมาสมัยพระครูวิจักษณ์ธรรมประจิต(หลวงปู่เนตร์ มหิสฺสโร)อดีตเจ้าอาวาสได้ถอนพัทธสีมาอุโบสถหลังเก่า สร้างอุโบสถหลังใหม่ทำการผูกพัทธสีมา เมื่อ พ.ศ.2477  และปี พ.ศ.2530 พระครูวิบูลสิริธรรม(หลวงพ่อเพี้ยน)เจ้าอาวาสปัจจุบัน ได้ทำการบูรณะก่อสร้างอุโบสถเก่าใหม่ เปลี่ยนเป็นวิหารประดิษฐานพระประธานหลวงพ่ออู่ทอง
 
รายนามลำดับเจ้าอาวาส
     ความเป็นมาที่ริเริ่มมีเจ้าอาวาสปกครองวัด จากประวัติการก่อสร้างวัดเป็นวัดเก่า ไม่สามารถสืบทราบเจ้าอาวาสปกครองวัดได้ เท่าที่พอจะสืบทราบได้ดังนี้
1.พระปลัดปาน (หลวงปู่ปาน)
2.หลวงปู่จอม
3.หลวงปู่เห่ง
4.พระครูวิจักษณ์ธรรมประจิต(หลวงปู่เนตร มหิสฺสโร) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ปี พ.ศ.2475 – 2506
5.พระครูวิบูลสิริธรรม(หลวงพ่อเพี้ยน) เจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน ได้รับการแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาส พ.ศ.2508
สภาพแหล่งโบราณคดี
    วัดตุ๊กตา ตั้งอยู่ริมคลองบางแก้วด้านทิศใต้ ตรงข้ามคนละฝากฝั่งถนนกับวัดกลางบางแก้ว ภายในพื้นที่วัด นอกจากมีอุโบสถ วิหาร หอฉัน-พิพิธภัณฑ์ กุฏิสงฆ์ เสนาสนะต่างๆ ด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือยังเป็นที่ตั้งของโรงเรียนวัดตุ๊กตาอีกด้วย มีเรื่องเล่าว่าในอดีตเรียกว่า “วัดใน” เนื่องจากอยู่ด้านในถัดจากวัดกลางบางแก้วเข้ามาจากริมฝั่งแม่น้ำนครชัยศรี ต่อมาเรียกว่า “วัดตุ๊กตา” เนื่องมาจากที่วัดได้พบตุ๊กตาโบราณแกะสลักจากไม้ ตัวที่ 1มือขวาอุ้มไก่ มือซ้ายถือถุงเงิน  ตัวที่ 2 มือซ้ายอุ้มไก่ มือขวาถือกงจักร นุ่งโจงกระเบน ปัจจุบันเหลือ 1 ตัว ทางวัดได้เก็บรักษาไว้อย่างดี
หลักฐานที่พบ
     1.เสมาหินชนวน เป็นเสมาของอุโบสถหลังเก่าปัจจุบันบูรณะใหม่เหลือเพียงภาพถ่ายที่ทางวัดถ่ายไว้ จากลักษณะเสมาและสภาพอุโบสถ เชื่อได้ว่าเป็นอุโบสถและเสมาที่สร้างขึ้นสมัยอยุธยา
     2.วิหารหลวงพ่ออู่ทอง ตัววิหารปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ ภายในประดิษฐานพระประธานเรียกว่า “หลวงพ่ออู่ทอง” ซึ่งได้บูรณปฏิสังขรณ์ใหม่
อายุสมัยและข้อสันนิษฐาน
     จากหลักฐานที่พบ วัดตุ๊กตาน่าจะสร้างมีมาตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนต้น – อยุธยาตอนกลาง และอาจจะมีการเสื่อมโทรมบ้างตามกาลสมัยเป็นช่วงๆ จนสมัยรัตนโกสินตร์ตอนต้นกลับมารุ่งเรืองมั่นคงพร้อมกับการขยายตัวและความหนาแน่นของชุมชนในช่วงระยะเวลาเดียวกันตราบจนปัจจุบัน